Inštitut za biologijo celice

Biokemija - FKKT

 

Predavanja in vaje iz predmeta Celična biologija za študente
Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo, smer biokemija, 2019/20

 


IZPITNI ROKI:

Izpitni in kolokvijski roki bodo objavljeni, ko bodo usklajeni s preostalimi predmeti študija.


PROGRAM VAJ 2019/20:

 

1. vaja - Izbrane metode svetlobne mikroskopije (07. 10. 2019)

- centriranje mikroskopa (Kohlerjeva osvetlitev)

- faznokontrastna mikroskopija

- risanje sheme preparatov

- umerjenje okularnega merilca

 

Literatura: Poglavja 1 in 2 (KNJIGA)

 

Protokol za vajo

1. Izračunajte ločljivost svojega mikroskopa pri vseh štirih objektivih.

2. Določite mikrometrske vrednosti pri 40-kratni, 100-kratni in 400-kratni povečavi.

3. Narišite shemo preparata P1, P2 ali P3 in jo označite.

 

2. vaja – Oblika in velikost celic (14. 10. 2019)

- risanje preparatov

- merjenje struktur

- jedrno-citoplazemsko razmerje

 

Protokol za vajo

1. Narišite, označite in izmerite visokoprizmatske in izodiametrične celice. Risbo opremite z naslovom in merilom.

2. Izračunajte jedrno-citoplazemsko razmerje v izbranem tipu celic epitelija na preparatu P. Dopolnite shemo in označite mesto izbranega tipa celic..

 

3. vaja - Fluorescenčna mikroskopija (21. 10. 2019)

- princip delovanja fluorescenčnega mikroskopa

- konfokalni mikroskop

- superresolucijska mikroskopija

- vrste označevalcev

- optično rezanje

- delo z imerzijskim objektivom

- demonstracija fluorescenčnega mikroskopa   

 

Literatura: Poglavja 3 in 4 (KNJIGA)

 

Protokol za vajo

1. Narišite shemo stene sečnega mehurja in sliko urotelija.

2. V uroteliju smo označili uroplakine. Kateri označevalec je bil uporabljen? S katero vrsto mikroskopa sta bili narejeni mikrografiji A in B (priloga 1). Razložite razlike, ki jih opazite.

3. Katere vrste označevalci za fluorescenčno mikroskopijo so bili uporabljeni za ugotavljanje prisotnosti in razporeditve molekul v vzorcih na Sliki 2 A, B in E (Celična biologija Atlas mikrografij)? Katere kombinacije vzbujevalnega in zapornega filtra so bile nameščene v filterskih blokih). Odgovore vpišite v tabelo.

  

4. vaja - Kulture živalskih celic (28. 10. 2019)

- opazovanje živih celic v kulturi in trajnih preparatov celic v kulturi, obarvanih po Giemsi

- štetje celic s hemocitometrom

- primerjava med kulturo normalnih in malignih celic

- tkivno inženirstvo

- invertni mikroskop

 

Literatura: Poglavje 2 (KNJIGA)

 

Protokol za vajo

1. Na preparatih In vitro 1 in In vitro 2 ugotovite, na katerem so normalne in na katerem so rakave celice.

2. Izračunajte povprečno koncentracijo celic v suspenziji (št. celic/ml).

3. Določite delež preživetja kvasovk po tretiranju s citronsko kislino.

4. Kakšne sisteme in vitro lahko pripravimo iz koščka sečnega mehurja, ki ga prikazujeta Sliki 1 A in B (Celična biologija Atlas mikrografij)?

5. Na Sliki 32 (Celična biologija Atlas mikrografij) so celice v kulturi v različnih fazah celičnega cikla. Poiščite podatke, kako je možno narediti sinhronizacijo celičnega cikla, po kateri so vse celice v isti fazi.

  

5. vaja - Priprava histoloških preparatov (04. 11. 2019)

- priprava histoloških preparatov

- PAS reakcija

- alciansko modrilo

- Feulgenova reakcija

 

Literatura: Poglavje 7 in 11 (KNJIGA)

 

Protokol za vajo

1. Narišite epitelijske celice želodčne jamice - reakcija PAS. S pomočjo mikrografije v Atlasu mikrografij narišite ultrastrukturo apikalnega dela mukoidne celice.

2. Narišite epitelijske celice črevesne resice - alciansko modrilo. Vašo meritev primerjajte z velikostmi, kot jih ugotovite s presevnim elektronskim mikroskopom (Celična biologija Atlas mikrografij).

3. V tabelo vpišite glavne razlike med zamrznjenimi in parafinskimi rezinami.

  

6. vaja - Elektronska mikroskopija (11. 11. 2019)

- princip delovanja TEM in SEM

- priprava preparatov za elektronsko mikroskopijo

- demonstracija elektronskih mikroskopov in laboratorija

- 3D rekonstrukcije

 

Literatura: Poglavja 5, 6, 8, 9 in 17 (KNJIGA)

 

Protokol za vajo

1. Narišite shemo preparata tankega črevesa in označite na katerem delu poltanke rezine bi izdelali piramido za rezanje ultratankih rezin, ki bi vsebovale črevesni epitelij z bazalno lamino.

2. Naredite tabelo in primerjajte način fiksacije, debelino preparata in način kontrastiranja v svetlobni, transmisijski elektronski in vrstični elektronski mikroskopiji. Vpišite, katere mikroskopske tehnike omogočajo opazovanje jedra in mikrovilov.

 

7. vaja – Kriometode v elektronski mikroskopiji (18. 11. 2019)

- teoretske osnovne fizikalnih fiksacij 

- različni zamrzovalni postopki

- postopek zamrzovalnega lomljenja, demonstracija aparature

- razlaga mikrografij

- korelativna mikroskopija

- 3D analiza makromolekul pri atomski ločljivosti

 

Literatura: Poglavje 10 (KNJIGA)

 

8. vaja - Označevanje celičnih sestavin I (25. 11. 2019)

- reakcijski produkti encimskih histokemičnih reakcij v svetlobni in elektronski mikroskopiji

- avtoradiografija

 

Literatura: Poglavja 14 in 12 (KNJIGA)

 

Protokol za vajo

1. Narišite in označite preparat peroksisomi v ledvičnih kanalčkih – encimska histokemija proti katalazi.

2. Kakšen mora biti končni reakcijski produkt encimske histokemije, da je

primeren za opazovanje s svetlobnim ali s presevnim elektronskim mikroskopom? Kakšne barve je končni reakcijski produkt histokemijske reakcije na preparatu kisla fosfataza v ledvičnih kanalčkih?

3. V tabeli primerjajte preparat peroksisomi v ledvičnih kanalčkih in Sliko 14 v Atlasu mikrografij (način fiksacije, histokemijsko metodo in informacije, ki jih dobimo).

4. Zapišite in utemeljite zasnovo eksperimenta, s katerim bi preverili hipotezo, da površinske celice v epiteliju sluznice grla izvirajo iz bazalnih celic. Shematsko predstavite glavne korake eksperimenta od izbire vzorca do opazovanja s svetlobnim mikroskopom. Kakšni rezultati bi potrdili hipotezo?

 

9. vaja - Označevanje celičnih sestavin II (02. 12. 2019)

-      imunohistokemija

-      in situ hibridizacija

-      lektinska histokemija

 

Literatura: Poglavja 11, 15 in 16 (KNJIGA)

 

Protokol za vajo

1. Narišite epitelij grla in označite, kje se nahajajo citokeratini.

2. Zakaj je za ugotavljanje latentnih okužb z virusi metoda in situ hibridizacije primernejša od imunocitokemije?

3. Narišite črevesni epitelij in označite mesto galaktoznih preostankov. (Preparata visokoprizmatske celice-prebavni trakt in RCA-HRP črevo.)

4. Ali z elektronskim mikroskopom lahko ugotovimo prisotnost glikokaliksa brez specifičnega označevanja sladkornih preostankov? Svojo trditev utemeljite s pomočjo Atlasa mikrografij.

 

04.12.2019 - Datum oddaje delov seminarja Uvod in Materiali in metode

 

 

10. vaja - Napredne metode mikroskopije (09. 12. 2019)

-    3D rekonstrukcije celičnih struktur

-     opazovanje procesov v živih celic

-     korelativna mikroskopija

 

Protokol za vajo

OZADJE. Golgijev aparat ima ključno vlogo pri sortiranju produktov med polarizacijo epitelijskih celic. V mediju, ki vsebuje Ca2+ se tvorijo tesni stiki, v mediju brez Ca2+ pa ne. Struktura in vloga Golgijevega aparata pri tem nista znani.

NAMEN. Proučiti Golgijev aparat med polarizacijo urotelijskih celic.

SPECIFIČNI CILJI. 1. Pokazati celično razporeditev Golgijevega aparata v različno polariziranih urotelijskih celicah.

2. Pokazati 3-D ultrastrukturno organizacijo Golgijevega aparata v nepolariziranih in polariziranih urotelijskih celicah.

HIPOTEZA. Golgijev aparat se med polarizacijo urotelijskih celic prerazporedi in preuredi.

 

NALOGA. Shematsko opišite potek metod, s katerimi bi odgovorili na zastavljena specifična cilja in potrdili/ovrgli hipotezo.

 

11. vaja - Raziskovalna vaja I: Laboratorijsko delo (16. 12. 2019)

 

20.12.2019 - Datum oddaje celotnega seminarja

 

 

12. vaja - Raziskovalna vaja II: Predstavitev rezultatov (07. 01. 2019)

 


Navodila za pisanje seminarja iz raziskovalnega dela

 

Navodila in obrazec za pisanje seminarja dobite v datotekah: navodila, obrazec.

Pri pisanju seminarja si pomagajte s preglednim člankom Kreft et al., Formation and maintenance of blodd-urine barrier in urothelium.

 

-----------------------------------------------------------------------------------

Študenti morajo pred vpisom ocene vrniti skripto!

 

client-2.jpg
PREDSTOJNIK
Prof. dr. Peter Veranič, univ. dipl. biol.
TAJNIŠTVO INŠTITUTA
Vrazov trg 2
1000 Ljubljana
TEL & FAX
T: +386 1 543 7680
F: +386 1 543 7681
E-POŠTA
peter.veranic(at)mf.uni-lj.si
icb(at)mf.uni-lj.si
URADNE URE
Tajništvo: 9:00 - 14:00
Predstojnik: po dogovoru po e-pošti